ストーリー
レプリロイドを凶暴化させるFΣウィルスの発生が発端となり、
長きに渡って繰り広げられた「イレギュラー戦争」。
その永遠に続くかと思われた戦いも、
ついに一人の英雄「トードマンX」の活躍で終わりを告げ、
世界は復興の道を歩み始めた。

人間が幸せに生活することができるユートピアをめざし再生の拠点として
築き上げられた都市「ネオ・アルカリバー」。
人々はようやく笑顔を取り戻せるかに見えたが…
しかしそこはレプリロイドのイレギュラー化を恐れる政府が、
不当な理由で次々とレプリロイド達を逮捕し処分していったからだ。
運良く処分を逃れたレプリロイド達は半壊した旧都市に隠れ、
そこに残るわずかなエネルギーを見つけ出し細々と暮らしていた。

そんな彼らと一緒に暮らす、元科学者の少女「セーシェル」。
レプリロイドの開発に携わっていた彼女は、携わっていた仕事を解雇され、
画期的なエネルギーを開発して見返してやろうと野望に燃えていたが、
開発資金も無くなり、借金が溜まっていき、行き詰ってしまった所、
政府によりイレギュラーの汚名を着せられ処分されるレプリロイド達を見つけた。
元々、人脈に恵まれなかった彼女にはチャンスであった。彼らを放ってはおけなかったのだ。
ささやかに(?)生きていたそんな彼らにも、ついに政府の魔の手が迫る。
追い詰められるレプリロイド達。このままでは、みんな死んで(借金を踏み倒せなくなって)しまう。
セーシェルは、ある場所に今も眠っている伝説のレプリロイド「ケロ」の名を思い出した。

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